El Santuario de Santa Maria del Monte, tal y como se puede ver hoy, es el resultado de importantes intervenciones que se han producido a lo largo del tiempo desde el siglo XII hasta nuestros días. La primera planta de la iglesia, de época románica, tenía una sola nave. A mediados del siglo XV, el santuario fue ampliado con la adición de dos naves laterales a instancias del duque de Milán Galeazzo Maria Sforza. Finalmente, en el siglo XVII, se renovaron todas las pinturas y decoraciones, incluido el imponente altar que aún alberga la estatua de madera de la Virgen Negra del siglo XIV.
El santuario está íntimamente relacionado con el monasterio de clausura: en el centro de la nave central, sobre el arco, se pueden ver las rejas desde las que las monjas siguen las celebraciones religiosas sin romper la regla de reclusión.