Cappella III - San Francesco rinuncia ai beni del mondo nelle mani del vescovo di Assisi
Il vescovo Bascapè (1593-1615) commissiona e segue personalmente la progettazione della cappella. Il gruppo scultoreo raffigurante Francesco, suo padre, il Vescovo di Assisi (con le sembianze del vescovo Bascapè), il Notaio e i Curiali è opera di Cristoforo Prestinari. Il volto del vescovo è il ritratto di Bascapè. Gli affreschi dei fratelli Fiammenghini (1613) raffigurano da destra San Francesco che prega il Crocifisso perché gli sveli la sua volontà; il Crocifisso che risponde; Francesco disegna una croce sul mantello e ne fa un saio; Francesco torna ad Assisi, cerca denaro e porta materiale per riparare San Damiano.