Die Wallfahrtskirche Santa Maria del Monte, so wie sie heute zu sehen ist, ist das Ergebnis bedeutender Eingriffe und Änderungen vom 12. Jahrhundert bis heute. Der erste Grundriss der Kirche aus der Zeit der Romanik war ein einziges Schiff. In der Mitte des 15. Jahrhunderts wurde die Kirche auf Geheiß des Herzogs von Mailand, Galeazzo Maria Sforza, um zwei Seitenschiffe erweitert. Im 17. Jahrhundert wurden schließlich alle Gemälde und Dekorationen erneuert, einschließlich des imposanten Altars, auf dem noch immer die Holzstatue der schwarzen Madonna aus dem 14. Jahrhundert thront.
Die Wallfahrtskirche ist eng mit dem Klausurkloster verbunden: in der Mitte des Kirchenschiffs, oberhalb des Bogens, sind die Gitter zu sehen, von denen die Nonnen den religiösen Feiern folgten, ohne die Klausurregeln zu brechen.